나주목사 내아(內衙)는 조선시대 목사가 정무(政務)를 보던 동헌(東軒)의 근처에 있던 관저이며 ㄷ자형의 전통한옥이다. 따라서 건물의 구조는 살림채이기 때문에 주로 상류주택의 안채와 같은 평면을 이루게 된다. 특히 시내 중심권에 조선시대 관아 건물이 많이 남아 있어 당시 관청의 모습을 살펴볼 수 있는 전국적 대표 관아이다. 성내에 남아있던 많은 관아 건축 중에서 객사(客舍)인 금성관과 아문(衙門)인 정수루 등과 함께 현재까지 남아있는 건물이다.

내아의 처음 건립연대는 알 수 없으나 현재의 안채 상량문에 순조25년(1825년) 7월 1일 주초를 놓고 7월 20일 상량하였다는 기록이 보인다. 그리고 문간채는 고종 29년(1892년)에 건립된 것으로 보아 19세기 현재의 팔작집의 모습으로 건축된 것으로 여겨진다.건물의 위치는 옛 동헌의 정문이었던 정수루(正綏樓)에서 서쪽으로 약 65m 되는 지점에 정남향으로 자리하고 있다. 건물의 구성은 현재 본채와 문간채만으로 구성되어 있는데, 문간채를 본채와 20m의 거리를 두고 전면에 위치하고 있으며, 중앙은 전퇴를 둔 5칸으로 좌측으로부터 대청 3칸과 방2칸 순으로 꾸며졌다.

내아는 일제시대 이후 군수 관사로 사용하면서 개수하여 원형이 상실되었으나 최근 완전 해체 복원 하였다. 이처럼 객사(客舍), 아문루(衙門樓), 내아(內衙)가 함께 현존하고 있는 것은 관아 건축의 원형의 일부라도 알 수 있다는 점에서 중요한 의의를 지닌 건물이라 하겠으며, 현재는 문화재자료 제132호로 숙박을 할 수 있도록 한옥체험의 문화공간으로 나주 여정을 지닌 여행코스로서 아이들이나 어른들의 특별한 경험이 될 수 있는 고택의 정취와 섬세함, 따뜻한 온돌방의 기운을 흠뻑 맛볼 수 있다. 또 한 500년 역사를 말하는 팽나무는 벼락을 맞고도 강인한 생명력으로 살아남아 금학헌을 지키고 있다. 이 나무는 사람들에게 큰 행운을 주는 기운이 있어서 소원을 말하면 들어준다고 한다.